ปัญหาการแยกขยะก่อนทิ้งในมหาวิทยาลัยมหาสารคาม ยังคงเป็นปัญหาหลักที่ไม่สามารถแก้ไขได้ แบบยั่งยืน ถึงแม้หลายคณะภายในมหาวิทยาลัยจะมีการวางถังขยะทั้ง4สี พร้อมป้ายบอกชัดเจนเกี่ยวกับ รายละเอียดว่าขยะประเภทใด ควรจะทิ้งในถังยะสีไหนก็ตาม แต่ก็ยังพบปัญหาการแยกขยะที่ผิดวิธีของนิสิต ด้วยจำนวนคนที่มีอยู่มากในเขคพื้นที่มหาวิทยาลัย ทำให้มีปริมาณขยะสะสมและไม่ได้รับการคัดแยกให้ถูก วิธีตั้งแต่ตันทาง ซึ่งสาเหตุหลักคือไม่ทราบว่าขยะแต่ละประเภทควรจะทิ้งในถังขยะสีใด